在警方调查中,李允芝、董玉珍和石美丽之间的关系引起了怀疑。经过报案人的提供线索,警方发现了一个装有被肢解的尸体的木箱子。经过辨认,确认死者是董玉珍。随后,警方逮捕了李允智和石美丽,并在李允芝的汽车后备箱中搜出了带血的地毯。根据法医检验结果,死者是被人用钝器击打致死,并将头部焚烧后装入柳条箱中。