嘉靖三十五年(1556年),俞大猷受胡宗宪重新启用,首次担任总兵官职,在吴淞江口等地剿灭倭寇,斩首千余级。然而,胡宗宪诱降倭首汪直后违背承诺将其处决,导致余党死守巢穴,俞大猷因久攻不下遭弹劾处分,被褫夺总兵职级。
嘉靖三十七年(1558年),俞大猷联合戚继光等将领围剿倭寇,但因未越界追击逃往福建的残敌,遭胡宗宪怀疑泄密,被罢官下狱。经陆炳及胡宗宪暗中斡旋,俞大猷方获释。嘉靖四十年(1561年),俞大猷复任南赣参将,平定广东张琏叛乱,升任福建总兵,开启第二阶段抗倭斗争。
兴化府城陷落后,俞大猷与戚继光、刘显合围平海卫倭寇。面对朝野速战压力,他坚持聚歼策略,最终取得平海卫大捷,歼敌两千余人。然而论功行赏时,戚继光获晋升,俞大猷仅得银四十两,凸显功过不赏现象。此后,俞大猷转战广东,南澳之战歼灭倭寇六千余人,却因首领吴平逃脱再遭弹劾,成为唯一受罚将领。
俞大猷一生战功卓著,但受明朝重文轻武传统影响,其耿直性格与拒绝逢迎文官的行为,导致仕途坎坷。虽被谭纶誉为“堪托孤寄命”之才,却屡遭贬谪,四次夺职,七次受辱。相较善于变通的戚继光,俞大猷因坚持原则难获晋升,最终官衔止于总兵。其清正不阿的品格与抗倭贡献,仍使其成为民族英雄的典范。