《科注》讲记中提到的佛教判教理论,主要讨论了贤守宗和天台宗的四教(藏、通、别、元)和五教,强调了它们在古代判教中的重要性和区别。贤守宗认为圣教有多种差异,天台宗则将教法分为藏教、通教、别教和元教,其中元教代表圆满的教法。