京东自营和POP店铺在性质、结账周期和对接人员方面存在差异。京东自营是供应货商,由京东提供入驻的商家;而POP店铺是商家在京东提供平台,将商品卖给消费者。京东自营以采购为主体,结算灵活;而POP店铺按照提债仪进行结算,在客户确认收货后第二天就会进行结算。此外,自营对接遇到问题的人员与POP店铺也有所不同。