秦始皇百万大军在短短三年内消失,主要是由于秦朝严酷的法家治国策略、强大的军事实力和长期的兼并战争导致的。商鞅变法后的秦国实行奖励耕战,通过残酷的战争手段统一六国,但秦始皇去世后,六国无力反抗,最终被逐一征服。