16世纪,格鲁派与噶举派在西藏争夺中借助蒙古外援。索南嘉措与俺达汗结盟,获得达赖喇嘛封号。达赖喇嘛意为智慧深如海的师傅,后世转世灵童多以嘉措命名。蒙古俺达汗死后,蒙古孙子云丹嘉措被认定为第四世达赖,引发冲突。五世达赖喇嘛与蒙古、明朝关系密切,但早逝。其后,班禅活佛制度建立,格鲁派权力逐渐转移,直至康熙时期清政府册封班禅提升其地位。