男子在自家林地堆放牛粪,涉嫌非法占用农用地罪。该行为导致林地植被和土壤耕作层严重毁坏,改变了林业生产种植条件。相关法律规定了对于农村土地的合理使用和保护措施,违反规定可能面临行政处罚或刑事责任。检察机关根据案情做出不起诉的决定,考虑到被告如实供述并积极恢复生态等因素。