甲虚本与成甲本在《红楼梦》版本研究中存在显著差异。甲虚本第一回包含一僧一道与补天石的独特对话,提及蒙蒙大士与神瑛使者达成“劫终复还本质”的口头协议,要求宝玉最终回归青埂峰补天石归处。而成甲本虽无此句,但其第一百二十回结局却暗合协议内容,将宝玉送回青埂峰,引发高鹗是否参考甲虚本的争议。
成甲本后四十回通过太虚幻境因果循环的描写,将甄士隐、空空道人等角色与劫终复还本质的设定紧密关联。程伟元辑补真迹的序言称其收集残卷整理成书,并指出第九十四回至第一百二十回等章节情节连贯,如黛玉焚稿、宝玉归乡等,符合原著伏笔,部分学者据此认为后四十回包含曹雪芹真迹。
此外,甲虚本中“三劫后太虚幻境会期”的预言与成甲本结局中甄士隐再入太虚幻境的情节形成呼应。空空道人的荒唐批语及“由来同一梦”的偈语,进一步强化了劫终之日的宿命逻辑。尽管高鹗续写争议未休,但程伟元整理版本中“补天石神瑛协议”与大结局的严谨呼应,为成甲本后四十回的真伪考据提供了关键支撑。