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董仲舒的哲学体系以阴阳五行宇宙结构为核心，认为宇宙由天地、阴阳、五行等十种成分构成。阴阳二气的运行规律解释四季更替，阳气主导春夏，阴气主导秋冬，但天道重阳轻阴。其天人一体感应论强调人与天的关联，主张人的身心是天的复制品，需通过礼乐制度完善自身，使宇宙臻于完美。
在人性善恶教化论中，董仲舒提出人性包含性与情，性近仁德而情近贪欲。他批判孟子性善论，认为人性需通过王道教化才能发展为善，强调文化对人性提升的作用。这一观点融合了荀子与孟子的理论，将善恶归结为“位善”与“以善”的差异。
社会伦理方面，三纲五常伦理观以阴阳学说为基础，确立君臣、父子、夫妇的等级关系。三纲为“君为臣纲、父为子纲、夫为妻纲”，五常为仁义礼智信，成为儒家道德规范的核心。董仲舒将五常与五行方位结合，强化其宇宙论依据。
政治哲学上，大一统政治理论主张君主效法天道，以四时配四政（庆赏罚刑），官员制度模拟四季运行。天人感应论进一步将政治得失与自然现象关联，认为灾异是天道对君王的警示，兼具目的论与机械论解释。
历史哲学中，三统循环历史观修改邹衍的“五德终始说”，提出黑、白、赤三统交替，朝代更替需“改正朔、易服色”以应天命。董仲舒强调“道”的永恒性，为汉朝统治提供合法性，同时约束君权。
对《春秋》的解释体现春秋繁露核心思想，董仲舒将历史分为“所见、所闻、所传闻”三世，以“微言大义”阐发孔子道统。公羊学派进一步发展为“衰乱世—升平世—太平世”的社会进步三阶段论，与《礼记·礼运》的大同理想呼应，反映汉代对政治与文化统一的深层追求。
汉代继承秦朝思想统一政策，但以“独尊儒术”取代焚书禁学。董仲舒的大一统思想成为官方意识形态，儒学吸收百家学说，形成兼容并包的新体系。这一过程奠定科举制度基础，使儒家从私人教育升格为官方正统，完成思想整合与文明延续的双重使命。