清代末期,随着西方资本主义势力的涌入,清帝国日趋衰落。太平天国运动迅速席卷东南地区,切断了北上的曹运线。在曹运中断后,清政府被迫改为银钱征收南方大部分的曹粮,并委托商船从海到北进行曹粮输送。黄河改道后,大运河山东段逐渐淤废,使得曹粮主要经海陆输送。太平天国失败后,剩余的曹运业务被轮船招商局拦截。1901年停止了运河曹运,并将其改为现钱征收。1905年撤销了曹运总督一职,标志着漕运终止。漕运是古代中国重要的国家事务之一,在中国发展和文化交流等方面产生了巨大影响。