大运河现存最重要的漕运管理机构遗址是淮安区老城中心的总督漕运公署遗址。这片官署建筑群是明清两代主管南梁北调等漕运工作的朝廷派出机构,具有历史重要性。目前,部分建筑房基、储石等遗址已经完成保护工程并对外展示开放,并在此基础上建起了中国曹运博物馆供游客参观。