水果店经营中存在的问题主要包括:损耗导致的亏本,缺乏计算盈亏的方法,销售渠道不畅通,以及缺少开店技能经验。为了解决这些问题,需要注意控制损耗、制定合理的价格策略和促销活动,并积极拓宽销售渠道。此外,在摆放水果时要注意分类和搭配,提供良好的服务体验。