建武三年,光武帝刘秀面临南阳叛乱事件。破虏将军邓奉因吴汉军队劫掠南阳家乡,愤而率南阳子弟兵击败吴汉部,后因担忧朝廷追责选择起兵。刘秀派征南大将军岑彭征讨邓奉叛军,但初战失利,最终刘秀御驾亲征平叛,迫使邓奉投降。因将领反对宽赦,邓奉被斩首,此事促使光武政权严令军纪整顿。
同年,渔阳太守彭宠因封赏不公与朱福结怨,起兵反叛,勾结匈奴并自立为燕王。其部下子密趁其斋戒时发动兵变,刺杀彭宠夫妇后投奔刘秀,渔阳叛乱遂平。彭宠之乱暴露了光武政权初期地方势力的不稳定。
东方割据势力刘永睢阳割据势力亦被平定。刘永自称梁王,联合董宪东海割据势力对抗朝廷,虎牙大将军盖延率军攻破睢阳,刘永逃亡被杀。其残部拥立刘瑜为梁王,但最终被马武等将领剿灭,刘永政权彻底瓦解。
此后,平狄将军庞蒙因未被授命攻打董宪而心生不满,联合董宪势力反叛。刘秀亲率大军讨伐,董宪战败后,庞蒙势力逐渐瓦解。光武帝通过一系列军事行动,逐步巩固政权,剿灭多方割据势力,为统一天下奠定基础。