孙中山对蒋介石的军事能力表示认可,但指出其性格刚直、难以容人,希望他放下成见与陈炯明合作。然而,蒋介石对陈炯明始终存疑,多次借故拖延返回广州,甚至因军事进展缓慢和党内矛盾辞职离粤,反映出国民党内部派系冲突的激化。
孙中山坚持推进总统选举以强化西南政权合法性,但蒋介石主张优先团结内部、效仿苏俄模式,反对依赖外交。最终孙中山于1921年4月当选非常大总统,并筹备北伐。陈炯明则推行广东自治,反对北伐计划,导致双方矛盾公开化。
1922年3月,蒋介石建议孙中山先讨伐陈炯明再北伐,未被采纳后再次辞职。6月16日,陈炯明发动兵变炮轰总统府,孙中山乔装脱险登上永丰舰。蒋介石事后自责未及时应对危机,并于6月29日冒险登舰支援,被授予海上指挥权。这一事件成为孙中山革命生涯中最危险的永丰舰脱险事件,也暴露了国民党内部派系冲突的严重后果。